सीसीबीआई केंद्र, भारतीय कैथोलिक बिशप सम्मेलन का केंद्रीय सचिवालय है। उप-महासचिव, बैंगलोर स्थित सीसीबीआई केंद्र से कार्य करते हैं। यह सचिवालय सीसीबीआई के 16 आयोगों और 4 विभागों के कार्यों का समन्वय करता है, जिनमें से तीन आयोग के कार्यकारी सचिव, उप-महासचिव के साथ, केंद्र में रहते हैं।

सीसीबीआई का पहला सचिवालय 1988 में गोवा में स्थापित किया गया था, और फिर 1992 में इसे दिल्ली स्थानांतरित कर दिया गया। दिल्ली में, यह 1992-1995 तक सीसीबीआई सचिवालय, पीतमपुरा से और 1995-1996 तक आर्चबिशप हाउस, दिल्ली से संचालित हुआ। 1997 में, सीसीबीआई ने दिल्ली में अपना पहला अलग सचिवालय, 9-10, भाई वीर सिंह मार्ग, नई दिल्ली 110001 में स्थापित किया।

सीसीबीआई केंद्र, बैंगलोर का उद्घाटन 14 सितंबर, 2002 को सीसीबीआई के बाइबल, धर्मशिक्षा और धर्मविधि आयोगों के सचिवालय के रूप में हुआ था। बाद में, 2003 में उप-महासचिव ने अपना कार्यालय दिल्ली से बैंगलोर सचिवालय में स्थानांतरित कर दिया। दिल्ली स्थित सीसीबीआई भवन का उपयोग वर्तमान में कैरिटास इंडिया द्वारा किया जाता है।

सीसीबीआई के उप महासचिव केंद्र के पदेन निदेशक होते हैं। निदेशक को स्थानीय कार्यकारी सचिवों और अन्य कार्यालय कर्मचारियों द्वारा सहायता प्रदान की जाती है।